民间医药的收集整理工作是民间医药研究的基础，应纵观全局，确定分批次、分阶段、分地区、分民族的收集任务，制订规范性收集策略，有计划地培养一批稳定的民间医药收集人员，采取多种形式的收集方法，及时收集、整理加工、分门归类。
文献收集法 收集古代医药典籍、地方方志中与民间医药相关的内容和民间医药专著、民间医药论文和会议论文中的内容等。利用文献研究方法，整理收录于文献中的民间医疗技法和方药，包括民间医药的名称、起源、变迁、流传、分布和用药方法以及相关的文化、生态、社会记载内容。
田野工作方法 我国很多民间医药至今仍在小范围内口授心传，缺少记录、整理。对于无文字记载的民间医疗技法和方药，可借鉴人类学独特的研究方法即田野工作方法获得民间医药相关信息。田野工作是运用勘测、询问、交谈、考察等多种方法对研究对象进行实地考察，包括关键人物访谈、参与性观察、群体访问调查及口传习俗的内容分析等。关键人物指的是被调查地区的药农、民间医生、基层卫生工作人员、各种医药协会里的民间医药研究志愿者等，他们一般对当地的民间特色方药、疗法、文化、风俗习惯等比较熟悉。参与式观察法是研究者参与被调查地区的生产、生活，并将其观察、交谈等得到的民间医药资料归集起来形成工作日志。群体访问调查一般使用专门设计的半结构式问卷表，选定部分人群进行相对固定的调查记载。田野工作方法的结果为民间医药研究提供零次信息，是民间医药研究内容的主要来源。
献方献技 民间医药的传授特点及民间医生生存的需要决定了民间医药保守性的特点，部分特色医术与验方轻易不会外传，致使这些民间医药技术时时有失传之虞，这将对我国的传统医药事业造成极大的损失。针对这种情况，民间医药工作者应该利用平面、电视、广播、网络等各种媒体进行宣传教育，在承诺保护民间医方和医技拥有者知识产权的基础上，积极鼓励民间团体及个人献方献技，尤其是在长期临床实践中证实有效的医方和医技。可以设立长期有效的献方献技的邮政信箱、电话和网站。对临床及实验验证后疗效确切并有推广价值的医方、医技，帮助联系科研机构、医疗企业进行合作开发，从而让献方献技者的知识产权获得应有的物质回报，形成良性激励机制。