一、《国务院关于扶持和促进中医药事业发展的若干意见》颁布实施，成为指导我国中医药事业科学发展的纲领性文件。中央财政投入47亿元支持中医药发展。中医药管理体制进一步理顺和加强。
《若干意见》深刻总结了新中国成立以来中医药事业发展的历史经验，充分肯定了中医药的历史贡献、科学文化价值和性质地位作用，明确了当前和今后一个时期发展中医药事业的指导思想、基本原则、主要任务和政府责任，提出了推进中医药医疗、保健、科研、教育、产业、文化全面发展的思路，是指导中医药事业科学发展的纲领性文件，在中医药发展史上具有里程碑意义。2009年中央财政共安排47亿元专项资金，分别用于支持101个地市级中医医院和165个县级中医医院基础设施建设，中医药服务能力建设、人才培养、适宜技术推广及中医药文化建设，中医药科技体系建设和自主创新，这是新中国成立以来对中医药事业发展投入最多的一年。国务院将中医药工作部际协调小组调整为中医药工作部际联席会议；国家中医药管理局新“三定方案”强化和完善了该局职能，增设“规划财务司”，医政司加挂“中西医结合与民族医药司”，国际合作司加挂“港澳台办公室”；去年各地在机构改革中也普遍加强了中医药管理机构建设。
二、中医药全面参与医改，围绕五项重点工作推出一系列有利于发挥中医药作用的政策措施。
新农合制度提出重点提高使用中医药有关费用的补偿比例，引导农民应用中医药适宜技术；987个中成药和中药饮片纳入国家基本医疗保险、工伤保险和生育保险药品目录；102种中成药和中药饮片纳入《国家基本药物目录（基层部分）》；县中医院纳入县级医院建设项目，城乡基本卫生服务机构中医药科室、中医诊疗设备和能力建设加强；首次将中医体质辨识纳入居民健康档案内容；在公立医院改革中对中医院（民族医医院）在投入政策上予以倾斜；对中药饮片加价率标准适度放宽，逐步提高中医和体现医务人员技术劳务价值的诊疗、手术、护理等项价格。
三、在防治甲型H1N1流感疫情中，中医药发挥了独特作用，成效显著。单纯中医药治疗轻症患者效果明显，中西医结合治疗重症患者方法有效，全国近2/3患者受益。
2009年春，甲流疫情全球蔓延并波及我国。党中央、国务院高度重视发挥中医药在防治甲流中的作用，温家宝、李克强先后作出重要批示和指示。国家中医药局成立防治工作领导小组和专家委员会，第一时间参与。27个省份成立中医药防治专家组，23个省份组建中医医疗队。临床实践表明，单纯中医药或中西医结合方法防治甲流成效显著，全国近2/3患者受益。
四、我国政府有关部门首次评选表彰30位“国医大师”。
2009年6月，国家中医药管理局会同人力资源和社会保障部、卫生部评选并授予王玉川等30位中医名家“国医大师”荣誉称号。这是新中国成立以来我国政府部门首次在全国范围内评选表彰*********中医（民族医）大师。在行业内外产生了良好的社会影响，对于营造名医辈出的良好氛围，激励中医药人才成长具有十分重要的意义。
五、中医中药中国行走进军营，成为我军卫生史上首次以中医药服务基层官兵为主题的专项活动。中医药文化建设和科普宣传工作不断向纵深发展。
2009年9月，中医中药中国行军营行专题活动启动。总后卫生部组建了60余支中医药服务队上高原、下海岛、赴边防，深入军营广泛开展中医药科普宣传、诊疗服务和技术帮带等活动，12万余名官兵和20余万边海防群众受益。累计培训卫生士官和卫生员8000余名，为全军基层连队配发1.6万个中医诊疗保健箱，全面提高了军队基层中医药服务保障水平。国家中医药管理局成立中医药文化建设与科学普及专家委员会，印发《中医医院中医药文化建设指南》，新增6个中医药文化宣传基地。
六、中医药行业启动中医刮痧师、中药调剂员、中药材种植员、中药固体制剂工、中药检验员等5个特有工种职业技能鉴定，推行职业资格证书制度。
2007年，经中编办批准，设立国家中医药管理局职业技能鉴定指导中心。2008年，《中医药行业特有工种职业技能鉴定实施办法（试行）》下发，并公布了10个特有职业工种：中药购销员、中药调剂员、中药材种植员、中药材养殖员、中药材生产管理员、中药炮制与配制工、中药液体制剂工、中药固体制剂工、中药检验员和中医刮痧师。2009年7月，颁布了其中5个国家技能职业标准，启动职业技能鉴定，对规范中医药行业秩序、促进中医药产业升级有重大意义。
七、2009年版中医医师资格考试大纲更加体现中医药特点，中医师承和确有专长人员不再测试西医内容。
2009年版中医医师资格考试大纲（中医类别中医、中西医结合实践技能考试部分）2月颁布。新大纲取消了师承和确有专长人员测试的所有西医内容，取消了中医医师资格第一站辨证论治考试中的双重诊断要求，相关西医内容调整到第三站考试中作为必答题测试。新大纲强化了临床实际操作的测试力度，将中医治疗具有疗效和优势的常见病、多发病纳入了测试范围。
八、双黄连注射液等中药注射剂事件引发社会关注，中药注射剂安全性再评价工作全面启动。
中药注射剂是中医药现代创新成果，已成为临床疾病治疗的独特手段，发挥着不可替代的作用。但近年来出现的鱼腥草、刺五加、茵栀黄、双黄连等中药注射剂事件，引发了社会对已上市中药注射剂的不良反应和安全性问题的关注。这足以使我国中药注射剂生产企业和临床医务人员从中汲取教训，引起对中药注射剂不良反应和安全性的高度重视，从中药注射剂的研发、生产、储运、产品说明以及临床使用等各个环节严格把关，并积极开展中药注射剂的安全性再评价工作，维护中药注射剂的良好信誉，确保人民群众用药安全。
九、建立完善中医药创新科技体系，16个国家中医临床研究基地确定。10项中医药科技成果获2009年度国家科学技术奖，为十年来最多。
16个国家中医临床研究基地建设起步良好，完成了建设规划和方案，建设资金已逐步到位。首次启动建设103个具有明确研究方向的重点研究室，加强科研人才培养，创新科研组织方式，有效整合科技资源，提高科技创新能力。通过新一轮规范评估，确定了388个科研三级实验室，涉及行业内外160个医、产、学、研单位，为开展中医药多学科研究搭建平台。这些临床与科研相结合平台的建立，对于提高中医药对重大、疑难、传染性疾病治疗、研究、评价、规范的能力和水平，推动中医药科技创新有重大意义。获得2009年度国家科技奖的10项成果包括国家技术发明奖二等奖1项，国家科学技术进步奖二等奖9项，成果涉及中医基础研究、临床应用、民族医药、中药研究等。
十、由我国发起促成的《传统医学决议》获世界卫生大会通过，我国与东盟10国就传统医药合作发表《南宁宣言》，以我国标准为基础的首部中医学教育国际组织标准发布，彰显我国在世界传统医学领域中的引领地位。