甲型H1N1流感有温疫与寒疫之分，按照卫生部《甲型H1N1流感诊疗方案》中医药指导原则，甲型H1N1流感属温疫者以解毒清热为主，而对甲型H1N1流感属寒者当从寒疫论治。
寒疫，由寒邪疫毒引起，其初起性质属寒，宜辛温解肌，透邪解毒之法，从温解论治。如陆懋修《世补斋医书》用吴萸、蜀椒、干姜、附子等温热药治疗。刘谦吉《伤感合编·外感编》提出治寒疫“人参败毒散、六神通解散并主之。”王汉皋在《医存》中有“除湿温、寒疫可酌用温燥之品”的论述，刘世祯《温热诠真·疫论》中有“寒疫发于冬……宜用附子、细辛、大黄、牙皂辈以温里解郁。”可见散寒与解毒是治疗寒疫的基本法则。
寒疫的演变趋势或寒邪伤阳或从阳化热，当辨证治疗。对于寒疫之邪，入里伤阳，出现肢冷、昏厥则宜回阳救逆之法；寒毒入里化热，出现持续高热、口渴、神昏谵语者应清热解毒、凉血开窍。
分析甲型H1N1流感的临床特点，初起恶寒、无汗、周身疼痛，苔白或白腻，脉浮或浮紧者，宜选荆防败毒散加减治疗，药用：荆芥15g，防风10g，羌活15g，独活15g，川芎15g，柴胡15g，前胡10g，桔梗10g，枳壳10g，茯苓15g，甘草10克，可酌加金银花20g，连翘20g增加解毒之力，以疏风散寒解毒。
对于邪正交争，邪踞少阳，而表现以恶寒与发热交替出现，胸闷、纳呆、恶心、咽痛、周身酸痛、苔白、脉弦，可用小柴胡汤加减。药用柴胡20g，黄芩15g，清半夏10g，党参10g，僵蚕10g，蝉蜕10g，金银花20g，连翘20g，甘草10g，以和解透邪解毒。
对于寒邪从阳化热，发热逐渐加重，高热持续不退，或呕吐、腹泻、乏力、周身酸痛、咽痛、苔白腻、脉弦滑或滑数者，可选麻黄升麻汤加减治疗：麻黄6g，升麻10g，知母15g，石膏30g，黄芩15g，玉竹10g，白芍15g，桂枝10g，茯苓15g，白术15g，干姜6g，金银花30g，连翘30g，甘草10g，以透邪清热解毒。
若寒邪入里损伤阳气，见恶寒或畏寒、四肢厥冷，呕吐不渴，腹痛腹泻，苔白滑，脉弱，可选用急救回阳汤加减治疗：制附子10g，党参15g，干姜10g，白术15g，桃仁10g，红花10g，连翘15g，甘草10g，以温阳益气活血解毒。
总之，甲型H1N1流感病情与发病季节、个体体质以及病毒变异密切相关，表现错综复杂，病情演变与转归不一。中医学认识瘟疫是根据病人临床征象而辨证论治，因此，无论病毒变异与否，中医瘟疫理论与实践优势是治疗甲型H1N1流感的有效途径，也是提高临床疗效的关键。